原本計畫總統就職後才要解散的國政顧問團，十三日突然宣布「功成身退」，在內閣人事布局的緊要關頭，總統當選人陳水扁頓失所恃，同時也引起許多政治聯想。國政顧問團為何提前解散？ 「挺扁」是國政顧問團當初成立的主因，在陳水扁聲勢不看漲之際，頗有些許「義氣」的色彩。為了讓李遠哲與其他學界、企業人士有個比較好的管道站出來擁扁，扁營設計了「國政顧問團」的機制，「背書」的意味濃厚。 即使早已定位為「暫時性」與「諮商性」組織，但國政顧問團的定位在選後仍然尷尬，尤其薦舉國防部長唐飛出任閣揆後，夾在「扁唐體制」中間更是為難。 從第二次國政顧問會議到第三次，剛好間隔半個月，這段時間有關人事的傳言四處流竄，在「猜謎大賽」之餘，許多人選都被冠上「國政顧問團推薦」之名。據悉，李遠哲對此顯得很不高興，甚至被認為成了「放話工具」。 基本上，不少國政顧問平日已相當愛惜羽毛，種種流言讓他們有「何處惹塵埃」的感覺，與其一直被流言困擾至五月廿日，不如早點解散。 另一方面，媒體報導早已指出，陳水扁會在第三次國政顧問會議提出閣員名單，徵詢國政顧問的意見，「萬一有人反對其中一、兩個人，要全盤接受呢？還是個別擊破？」為了避免陷於矛盾，乾脆不要知道人事安排。 唐飛的態度更是促成國政顧問團解散的原因之一。唐飛數次對媒體表示，國政顧問團不是體制內機構，因此他尋找閣員時並不需要與國政顧問溝通。第三次國政顧問會議開會時間一延再延，就是為了配合國民黨同意唐飛組閣的時程，好不容易等到了，唐飛卻堅持不來。 換句話說，唐飛認為這是「陳水扁的國政顧問團」，不是唐飛的，因此沒有必要出席。在體制上，唐飛堅持回歸「行政院長提總統任命」的憲政體制；在操作上，十七位國政顧問可能有不同的意見，將讓人事問題變得更複雜。 唐飛或許有他的政治考量，但確實讓國政顧問團成員覺得難堪，在確定唐飛不參加會議後，國政顧問團核心成員建議乾脆解散。有的國政顧問對唐飛的堅持頗有微詞，「我們又不是要爭位置，只是提一些施政建言。」 由於困擾實在太多，包括李遠哲在內的幾位國政顧問團核心成員達成共識後，李遠哲選在十二日深夜與陳水扁會晤，告知這項決定，並分頭通知其他國政顧問，包括殷琪、張榮發（人在德國漢堡）都被電話告知。 陳水扁獲知國政顧問團提前解散的決定，顯得百般不願，一直試圖勸服李遠哲。對陳水扁而言，國政顧問團是相當好用的一張牌，想要安插人事時，可以說是國政顧問團的建議；想要阻擋關說時，更是極佳的擋箭牌。國政顧問團解散，扁唐體制對人事安排便要「硬碰硬」。 但是李遠哲的科學家堅持性格不易被勸服，他當場要求陳水扁隔天晚一小時再來開會。這一個小時，李遠哲原本希望大家討論「如何急流勇退」，也討論給新政府的施政建議，不過仍擦槍走火，有的國政顧問按捺不住，開始批評傳言中的內閣人事。 有人認為部分人事安排像是「論功行賞」、「政治酬庸」；也有人對新政府邀請親民黨與新黨入閣不以為然，認為「全民政府」並不代表要納入每一個政黨，不能為了安插而安插。有趣的是，當一位企業家國政顧問正慷慨陳詞之時，陳水扁恰好抵達會場，發言當然被中斷，但是當時大家的臉色的確是「難看」。 當天，李遠哲仍代表大家表達「不想知道任何人事安排」的決定，只談一般施政原則。陳水扁很認真記錄筆記，寫了整整四張，但據一位國政顧問的形容，他的招牌笑容有點不太自然。 國政顧問團對人事到底有沒有介入？以整體而言，答案「應是沒有」，只有在第一次國政顧問會議時，為了推薦合適的閣揆人選，也有人順勢提出一些閣員建議名單，例如，確定接掌經濟部的林信義、一度傳聞為財政部長的林鐘雄，都是被多次提到的名字，至於經建會主委，倒是國民黨籍的江丙坤與薛琦被多次提到。 可是不能諱言的，確實有幾位企業家出身的國政顧問對人事介入頗深，因此也讓外界產生「利益迴避」的批評，例如，一位本土意識強烈的企業家對外交部長、陸委會主委、交通部長都有意見，不但陳水扁覺得為難，連李遠哲也覺得不妥，而主動打電話暗示他不要介入太深。至於李遠哲，據了解，李遠哲對陳唐山接任國科會主委一事，確實沒有被事先告知，他在十二日晚上與陳水扁會晤時，也表達了他對外交、教育、科技首長的看法，但並沒有堅持。李遠哲後來索性對友人說，他不再主動提建議，除非人家開口問他。 國政顧問團解散了，有的人入閣，有的人當資政或國策顧問，有的變成單純的「民間友人」，但可以預見的，部分國政顧問經過大選前後的政治洗禮，未來可能會以不同身分發揮更積極的力量。