李登輝不信任，阿扁卻極力留任

陳水扁當選新任總統，可是對於軍情的掌握似乎還是顯得力不從心 ；因此最近才有相當密集的造訪安撫行動。在確定由唐飛出任閣揆之後，陳水扁三十一日密訪國安會秘書長殷宗文，之後政壇即傳出殷宗文留任的訊息。但是，這個訊息的正確性如何？李登輝與阿扁會面曾建議陳水扁留任殷宗文？其實還有待商榷。

陳水扁當選總統後，殷宗文原本表示要與李登輝同進退，並在五月一日退役；不過，隨後，殷宗文態度有一些改變，他向外界表示，陳水扁有要他留任的意思，政壇也都說，陳水扁可能在三十一日與李登輝見面時，明確向李登輝請益留任殷宗文一事，而陳水扁也確實在三十一日，由張俊雄陪同，去探視了殷宗文，留人不留人？各種說法都有。

據透露，陳水扁剛當選時，有一次與重要幕僚談及人事，有關國安會秘書長職務，會中論及丁懋時與殷宗文。在那場會議中，陳水扁的核心幕僚便說，殷宗文、丁懋時都是祖父級人物，留任不怎麼合適。可是，隨著陳水扁逐漸深入國政，益發覺得五大軍情系統不是說接就接，原本由邱義仁接任國安會秘書長的人事安排也有了一些變化。包括國防部、參謀總長、國安會、國安局、警政署、調查局相關人事的連動，也有一些新的考量。