情治單位在選舉期間，鎖定民進黨籍的台北市長陳水扁作為監控輿情的標的人選。身為事件當事人的陳水扁表示，他被監聽、調查已經不是一天兩天的事情了，「我已經很習慣了！」 在反對陣營中打拚的政治人物，都和陳水扁有類似的經驗，他們的生活起居，經常有「意外的參與者」和他們一起「分享」，情治監控無所不在，如影隨形。 長年跟隨在陳水扁左右的台北市政府副秘書長馬永成指出，陳水扁在立法院當立委的時候，主打國防、情治弊端，當時很多提供消息的人，都是執行相關業務的「圈內人」，而且絕對不能曝光，所以他們不能具體舉證指控，只好和情治單位的監控人員大玩「躲貓貓」的遊戲。 馬永成表示，過去他們為了保護消息來源，所以絕不在電話中談要緊事，不得已必須用電話聯絡，就指定用某一地點的公用電話，以策安全。他說，有時為了混淆情治人員視聽，他們也會故布疑陣，「誤導」情治人員，例如：電話中先約了人在用地碰面，後來再請專人專程送紙條去更換時間和地點。還有一些重要的通話技巧，如果非用電話不可，他們有自己的「對話密碼」，也就是他們談話中的關鍵字眼，會被「暗號」和「代名詞」所取代，而且只有自己人能「解讀」，旁人完全無法聽懂。 陳水扁入主市府後，也曾採取過若干「防範」監控的措施。他曾請專人仔細檢查市長室裡的一切設施、裝備，結果仍「一無所獲」；對市府內部的電話線路，他也不放心，只是怎麼查都查不出個所以然來；此外，他明知不可行，還是請市府的「政風單位」協助，杜絕市府內部一切不當的監控行為。 陳水扁對於這種無所不在的白色恐怖監聽、調查事件，也覺得無可奈何，所以他只有讓自己的一切更加「透明化」，並體認政治人物是沒有個人隱私權的，唯有這樣，他才能和情治單位的監控行為「和平共存」。 馬永成則認為，要杜絕情治單位的不當監聽和調查，就必須先確立「行政中立」原則，任何屬於國家的資源，都不能「公器私用」，為個別政黨或特定個人服務，他說：「只有政黨輪替，才能讓情治機關中立」。 很多身經百戰的反對黨政治人物，雖然都對情治單位監控的惡形惡狀「罵到舌敝唇焦」，但是若干「胡塗情報員」的可笑舉動，卻也是他們談天說笑的絕佳題材。馬永成舉例，透過特殊管道，他曾經看過一份情治單位內部流出來的監控報告，被監控人是當年台大的學運分子李文忠，他們把李文忠在學校裡的一言一行，說過什麼話，見過什麼人，都記錄得一清二楚，甚至連李文忠的女朋友是誰，什麼背景出身，和李文忠的交往情形，都列入調查紀錄。 這一次，情治單位在選舉期間緊盯陳水扁不放，馬永成認為這和縣市長選情緊繃有關。他說，陳水扁是民進黨的超人氣助選員，「寶島希望助選團」所到之處，都席捲人潮、造成旋風，國民黨輔選部門很緊張，才會動員一切可用的資源「打扁」、「反扁」，情治單位當然也在動員的範圍內。