吵嚷不休的立法院，雖然已經在一月十三曰休會，但檯面下的爭權奪利卻未間斷，隨之而來的各黨團幹部改選，更成為各方覬覦的新獵物。由於新的會期直接擔任總統大選的砲手，同時年底立委也要改選，以目前各黨團幹部的曝光程度來看，可以說對立委們具有相當的「致命吸引力」，加上黨鞭掌握可以就各項法案或預算進行朝野協商的寶劍，相對資源爭取比較容易，因此成為各黨內部最熱門的職位，特別是和執政團隊系出同門的綠營，相爭得特別強烈。 其中，台聯算是比較順利的，由於人數不多（扣除蘇盈貴及林志隆只剩十一席），加上新光集團出身的吳東昇以及國語不靈光的王政中自我迴避出任，使得台聯人人都有機會擔任大小黨鞭，因此黨團幹部的改選過程相對平穩，較為有趣的倒是，因為幾任總召包括蘇盈貴、林志隆及廖本煙都出事，反倒成為大家迴避的職務，最後推選形象較為清新的陳建銘擔綱。 而民進黨有意參選的立委則一貫維持其大動作拉票，甚至不惜高分貝抨擊同志的草莽形象，派系配票、打聽選情等動作魚貫而出，尤其身為執政黨，黨團幹部身價水長船高，爭取態勢更是赤裸裸展開，包括正義連線立委蔡煌瑯、福利國連線立委蔡同榮、李俊毅，及現任黨團總召柯建銘等四個有意角逐者，在本會期開始就已展開布樁，選舉期間長達半年。其中總統府欽點的柯建銘有黨內派系新潮流和正義連線力挺，同時兩大派系策略結盟支持蔡煌瑯；而福利國連線和主流聯盟則力挺蔡同榮、李俊毅，大致維持新潮流與正義連線「保皇黨」合作，對抗以蔡同榮為首的福利國、部分正義連線及獨盟態勢。蔡同榮請出大老向南部立委拉票，還安排友好立委上民視叩應節目，選舉動作綿密且深入，一名正義連線立委就大嘆蔡同榮實力驚人，「簡直就是魔戒現身嘛」。派系對決的氣氛明顯。 有趣的是，由於選情激烈，因此被外界封為「民進黨三寶」的立委蔡啟芳、林重謨、侯水盛原本擬舉行記者會，也因為怕節外生枝而取消，侯水盛透露，「有人」怕記者會擦槍走火，希望淡化處理，暫時不要開記者會，顯見氣氛之緊張。 而選舉結果出爐，柯建銘拿下二十六票，獲得最高票；正義連線擁有二十九票，但因有部分跑票轉而支持主流聯盟召集人蔡同榮，致使蔡煌瑯選情一度告急，在新潮流機動支援挹注五票後，蔡煌瑯拿下二十二票，獲得第二高票，而被視為同盟競選的蔡同榮、李俊毅，都獲得十八票，但在蔡同榮禮讓下，由李俊毅當選三長。 值得觀察的是，從這一屆的正副院長黨內初選以及兩次黨團三長改選的情況來看，民進黨內明顯呈現兩大路線的分歧，表現出保皇派及非保皇派的矛盾，其中陳水扁帶領的正義連線更是每每發生嚴重跑票情況，看來內部隱憂不小，有選舉就有恩怨，似乎有點道理喔。